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Cycles des éléments biogènes

Thierry Moutin, Guillaume Le Gland & Thibaut Wagener (M1S2)

Objectif

Cette unité apporte les fondamentaux indispensables à la compréhension des processus physiques et biogéochimiques contrôlant les cycles des éléments biogènes (N, P, Si), leur quantification et l’établissement des bilans élémentaires de l’échelle régionale à l’échelle globale. Les cycles des éléments majeurs sont présentés ainsi que les couplages entre les éléments et entre les grands domaines (atmosphère, continent, océan) dans une approche comparative entre les évolutions passées (dernières transitions glaciaire/interglaciaire) et le changement climatique en cours.

► Cours théoriques : 40 heures (3 intervenants)

1. Le cycle océanique global de l’azote : Différentes formes d’azote réactif et réactions biogéochimiques, réservoirs et flux – océan, continent, atmosphère–, perturbations anthropiques, processus de contrôle du cycle océanique de l’azote (réservoir profond de nitrates et circulation thermohaline, contrôle biologique, le modèle de Dugdale & Goering – productions nouvelle ou de régénération, production exportable, production exportée), couplage diazotrophie/nitrification/dénitrification à l’échelle globale, couplage entre le cycle continental et le cycle océanique.

2. Le cycle du phosphore : Distribution et facteurs de contrôle du phosphate dans les milieux marins (le rôle du phosphate dans la limitation de la production océanique –, distribution, composition et disponibilité des pools de phosphate dans l’océan, les sources – fleuves, atmosphère, volcans, processus hydrothermaux – et les puits – enfouissement de la matière organique, adsorption sur les argiles et les oxohydroxydes de fer, enfouissement des phosphorites –, temps de résidence), le cycle biogéochimique du phosphate (cycle dans l’Océan Mondial – le modèle du 1er ordre de Broecker & Peng, cycle dans l’océan de surface – modèle de Thingstad, changement climatique et hypothèse du shift de Karl –, couplage avec les cycles des autres éléments biogènes (C, N, Si).

3. Le cycle du silicium : Le cycle biogéochimique du silicium (techniques d’étude des stocks et des flux, dissolution de la silice dans le milieu naturel – réactivité de la silice particulaire et constantes de dissolution, effet de la température, relation avec les processus de dégradation bactérienne, influence de la teneur en aluminium –),
Le cycle global du silicium dans les océans – un cas d’école dans l’établissement d’un bilan biogéochimique (production et dissolution de la silice biogénique dans les océans – estimation de la production et de l’exportation de silice biogénique, comparaison des limites inférieure et supérieure –, bilan biogéochimique du silicium dans l’Océan Mondial).

4. Le couplage des cycles de l’azote et du silicium à l’échelle globale : Fractionnement isotopique du silicium et de l’azote (proxy des changements climatiques passés), le silicium et le contrôle de la biogéochimie à l’échelle globale – couplage entre les teneurs en sels nutritifs de la thermocline dans l’Océan Austral et de la production biologique des basses latitudes, l’eau modale subantarctique (conservativité du traceur Si* dans la SAMW , le modèle conceptuel de Sarmiento et al., 2003, l’hypothèse du « Silicic Acid Leakage » et le scénario de la dernière transition glaciaire–interglaciaire, implications dans le cadre du changement global).Compétition entre espèces (rapport nutritif optimal, coexistence et dominance, compétition dans un milieu variable, co–limitations nutritionnelles).

► Travaux dirigés : 20 heures

TD-1. Disponibilité nutritive, production primaire et export de carbone en mer Méditerranée
TD-2. Fixation du carbone et assimilation de l’azote minéral dans le Pacifique équatorial
TD-3. Assimilation de l’azote minéral et de l’acide silicique par le phytoplancton dans l’Océan Austral
TD-4. Cycle biogéochimique du soufre et conséquences sur la dynamique climatique terrestre
TD-5. Le modèle de Broecker & Peng (introduction d’une notion quantitative à l’étude des cycles internes dans l’océan)
TD-6. Le cycle océanique du silicium. Estimation des principaux stocks et flux à l’aide du modèle PANDORA
TD-7. Le cycle océanique du fer, élément de contrôle des systèmes HNLC.
TD-8. travaux bibliographiques-1. Elaboration d’un document de synthèse sur un sujet d’actualité, exposés et débat avec les étudiants.
TD-9. travaux bibliographiques-2. Elaboration d’un document de synthèse sur un sujet d’actualité, exposés et débat avec les étudiants.
TD-10. Détermination des temps de « turn-over » et estimations directes et indirectes des concentrations en phosphate minéral dissous dans l’océan de surface.

Eléments traces et traceurs

T. Moutin & T. Wagener (M1S2)

Objectif

Ce module a pour objectif d’apporter des notions approfondies en chimie océanographique. Les cours abordent la distribution des éléments traces et des isotopes radioactifs pour expliquer le fonctionnement de nombreux processus océaniques. Les cours magistraux sont complétés par l’analyse et l’interprétation de données d’éléments traces obtenues au cours d’une opération océanographique dans le domaine côtier.

Courtesy of Claudia Benitez-Nelson
Courtesy of Claudia Benitez-Nelson

Courtesy of Claudia Benitez-Nelson

Cours théoriques : 18 h

1. Les éléments mineurs (méthodes de d’échantillonnage et de mesure, distributions et spéciation chimique, Types de profils, origine des apports (continentaux, sédimentaires, atmosphériques, hydrothermaux) et impacts sur les distributions, scavenging, interactions biologiques).

2. L’équilibres géochimique des éléments et la composition en ions majeurs. Introduction d’une notion quantitative à l’étude des cycles internes à l’océan.

3. Les isotopes radioactifs (notions de radioactivité : désintégrations radioactives, loi de désintégration, familles radioactives et équilibre séculaire), applications à l’étude de processus en milieu marin (mesure de la vitesse de scavenging des particules, datation des sédiments et mesure de la vitesse de sédimentation, détermination de la vitesse de diffusion).

4. La matière organique (MO) dans le milieu marin : nature, origine et devenir de la MO particulaire et dissoute. La MO : aspects qualitatifs et quantitatifs (principaux constituants de la MO, distribution générale de la MO). Devenir de la MO particulaire et de la MO dissoute : processus abiotiques (condensation, auto-oxydation et photo-oxydation) et biotiques de dégradation de la MO. Processus de séquestration de la MO. . Approches moléculaires et isotopiques (delta13C et delta14C) pour la caractérisation de la MO au niveau chimique.

Travaux dirigés : 8 h

*Méthodes d’échantillonnage et de mesure des éléments traces dans l’océan: Études critiques d’articles scientifiques
*Initiation aux méthodes de mesures et de calcul de la spéciation chimique dans l’eau de mer (Spéciation organique et redox).
*Calculs de flux (continentaux, sédimentaires, atmosphériques, hydrothermaux) et impacts sur les distributions dans la colonne d’eau.

Travaux pratiques : 4 h

Analyses chimiques des échantillons récoltés lors d’une campagne océanographique. Analyse et interprétation des résultats obtenus.[en]

Cycle du carbone et climat

T. Moutin & C. Lo Monaco, L. Bopp, D. Lefevre, C. Tamburini, T. Wagener (M2S1)

Objectif

Ce module a pour but d’établir les bases du rôle du cycle marin du carbone dans le contrôle du climat à l’échelle globale via la régulation de la pression partielle de CO2 atmosphérique. Les cours abordent le cycle du carbone dans l’océan de surface et dans la colonne d’eau, le cycle du carbonate de calcium, les fluctuations glaciaires et interglaciaires du CO2 atmosphérique à l’holocène, la perturbation anthropique du CO2 (méthodes de traçage du carbone anthropique dans l’océan).

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Carte représentant la moyenne annuelle de la différence de pression partielle de CO2 air-mer, basée sur les données de Takahashi et al. 2002 (A partir de Sarmiento & Gruber, 2006).

Cours

1. Le cycle du carbone dans l’océan de surface : quels facteurs contrôlent la pCO2 dans l’océan de surface (chimie du carbone minéral dissous – facteur de Revelle, distribution moyenne annuelle –processus de contrôle physiques et biologiques, variabilité saisonnière – gyres subtropicaux, Atlantique nord, Pacifique nord), étude de cas (remontée d’eaux profondes).

2. Le cycle du carbone dans la colonne d’eau (notion de pompe, pompes biologiques, pompe de solubilité ou d’échange de gaz, résultats des modèles),

3. Le cycle du carbonate de calcium (formation, processus dans la colonne d’eau – solubilité de CaCO3, état de saturation, distribution des carbonates, dissolution dans la colonne d’eau –, impact de l’acidification des océans),

4. La perturbation anthropique du CO2 (L’effet de serre, les fluctuations glaciaires interglaciaires du CO2 atmosphérique à l’holocène, réchauffement global, mise en évidence de la perturbation anthropique). Les contraintes thermodynamiques et les contraintes cinétiques concernant le transfert de CO2 entre l’atmosphère et l’océan. La pénétration du CO2 anthropique dans l’océan (estimations directes, méthodes de traçage du carbone anthropique dans l’océan – méthode TROCA, méthode du C*, méthode de Chen et Millero –, capacité d’absorption de l’océan actuelle et future).

Autres Interventions

Claire Lo Monaco (CNAP, LOCEAN Paris) : «Evolution du CO2 océanique dans l’océan indien sud (les campagnes OISO)»

Laurent Bopp (Directeur de département à l’ENS Paris) : Modélisation de la Biogéochimie Marine. Applications dans le cadre du changement climatique

Christian Tamburini (DR CNRS Marseille) : « Efficacité de la pompe biologique dans le transfert de matière et de carbone en zone épi- et mésopélagique, Rôle du carbone organique dissous dans le cycle océanique du carbone »

Dominique Lefèvre (CR CNRS Marseille) : « Pompe biologique et dynamique de l’oxygène dissous »

Thibaut Wagener (MCF Marseille): « l’acification de l’océan »

Avant 2025 :

Hervé Claustre (DR CNRS Villefranche/mer, Chairman du groupe de travail international Bio-Argo. Responsable du projet : Remotely-sensed biogeochemical cycles in the Ocean) : “Bilans de carbone aux échelles globales, régionales et locales: apport de la télédétection de la couleur de la mer et des plateformes autonomes instrumentées»

Irène Xueref-Rémi (CNAP, Marseille) : « Evaluation des stocks et flux de CO2 dans l’atmosphère »

Frédéric Lemoigne (CR CNRS Brest): « Efficacité de la pompe biologique dans le transfert de matière et de carbone en zone épi- et mésopélagique, Rôle du carbone organique dissous dans le cycle océanique du carbone »

N. Metzl (DR CNRS, LOCEAN Paris) Responsable SOLAS-IMBER carbon group)

Chimie Océanographique

T. Moutin, T. Wagener (M1S1)

Objectif

Introduction à l’océanographie chimique. Le but de cette formation (équilibrée entre cours magistraux, travaux dirigés et travaux pratiques), est l’étude de la composition chimique en éléments majeurs des océans et des principaux processus expliquant leurs distributions.

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ImageDistributionP

Cours théoriques : 24 h

1. Océanographie chimique descriptive. Rappel des principales caractéristiques physiques de l’océan indispensables pour expliquer la composition et la distribution des éléments chimiques dans l’eau de mer. Utilisation des traceurs chimiques en océanographie.

2. Les composants majeurs de l’eau de mer (L’eau de mer, un milieu complexe, principaux constituants, salinité). Exemples de variation de la composition relative des éléments majeurs. Origine et évolution de la composition chimique de l’eau de mer.

3. Distribution des gaz dissous dans l’océan (gaz inertes et réactifs). Dissolution et solubilité. Echange gazeux à l’interface air/mer. Processus affectant les gaz conservatifs dans l’eau de mer. Cas particulier des gaz biologiquement actifs. Intérêt de l’étude comparée de la distribution d’un gaz conservatif et d’un gaz trace réactif.

4. Le système des carbonates (pH de l’eau de mer, alcalinité, équilibre thermodynamique du système, variables et grandeurs mesurables).

5. Distribution des éléments nutritifs dans l’océan et relation avec la circulation générale. Les formes et fractions mesurables de l’azote, du phosphate et de la silice dans l’eau de mer. Utilisation des éléments nutritifs comme traceurs des masses d’eau.

Travaux dirigés : 16 h

Notion de salinité (utilisation des tables océanographiques internationales, équation d’état de l’eau de mer), Oxygène dissous (dosages, expression des résultats, solubilité, notion d’AOU, étude de profils), Macronutriments (fractions mesurables de l’azote et du phosphate, méthodes de mesure, calculs de concentration et de gradients, notion de flux), Equilibre des carbonates (construction de diagrammes log-log).

Travaux pratiques 20 h (fascicule en bas de la page)

Détermination des principaux composants chimiques de l’eau de mer : oxygène dissous, salinité, masse volumique, sels nutritifs, chlorophylle a (indicateur de biomasse), pH, alcalinité, calcium, azote organique dissous et particulaire (indicateur de biomasse).

Ouvrages de références :
Millero, F.J. 2006. Chemical Oceanography. 3rd ed. CRC press. ISBN 0-8493-2280-4.
Copin-Montégut G. 1996. Chimie de l’Eau de Mer, Institut Océanographique de Paris, 319 pp. ISBN 2923581142
Sarmiento J.L. & N. Gruber. 2006. Ocean Biogeochemical Dynamics. Princeton University Press/ Princeton and Oxford. ISBN-13: 978-0-691-01707-5

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Salle de travaux pratiques à la station marine d’Endoume